深國預在深圳國際高中率先實行英美精英學校所推崇的“分院制”，設立了四個分院（House），分院有各自的動物吉祥物、座右銘和色彩，每個分院由不同年級的學生組成，并選舉一名高年級學生成為隊長，教師也被分配到各個分院，協助學生隊長進行分院管理。

分院設有“學院積分”，學生以分院為單位參加各類活動，為集體爭取榮譽。同時，分院對獎勵和懲處列明了框架，當學生在日常行為中得到獎勵或受到處分，都會在學院積分中體現。

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分院制就像是 “小家庭、大社會”，它使學生跳脫出橫向的年級劃分，多了一個縱向的維度，為學生創設了一個全新的社交和成長平臺。通過學科、藝術、體育等多種不同形式的活動，每名分院成員之間密切交流、合作，不同分院之間互相學習、競爭。在分院中，學生的領導能力、組織能力和交際能力得以鍛煉，歸屬感、被包容感、忠誠感、榮譽感，以及相互鼓勵的意識得以增強。學生在安全的、給予充分支持的環境下提升自信，展現風采，勇敢嘗試和冒險，成為更好的自己。