社團活動是一個極具亮點的特色課程。它是校園文化的重要載體，是學生愉悅身心、拓寬興趣、開闊視野的主要陣地。豐富多彩的社團活動，完善學生知識結構，激發學生尋找個人特色與才能，促進學生個性發展，引導他們成為通才，使他們成為具備社會競爭力的現代公民，實現學校精誠育人、全面提高學生素質的終極目標。

深國預是一所尊重學生獨立個性、思想開放和民主的學校。學校社團已形成了以學校引導、教師指導、學生自主創辦為主要方式的社團組建模式，共同計劃和建立最合適學生的各類社團。

各社團由6名或以上的學生組建而成，每個學生在社團中有不同的職責和任務，通過挑戰激發自己的潛能尋找屬于自己的角色。為鼓勵學生社團活動的進行，學校為每個社團活動配備1名外籍或中國籍導師，根據各社團的實際情況支持一定的社團活動資金和物資。

深國預社團活動是每位學生每年必修的課程，主要分為三大類別：學術類、藝術類、體育類。目前為止已經在學校注冊運轉的社團達40多個。